این پیر عرصه سیاسی همواره دربرابر ظلم و بیداد و استبداد مقاومت کرده است. پیش از انقلاب  به خاطر ابراز مخالفت با رژیم شاه به زندان رفت، اما در اوایل انقلاب نیز عضویت در حزب جمهوری اسلامی را به دلیل وجود مکانیزم حق ویژه برای عده ای خاص نپذیرفت.او در همان سالهاي اول انقلاب در اعتراض به وقوع انقلاب فرهنگی استعفا داد.پس از آن نیز که حکومت مشی استبداد گریزانه او را نپسندید ، در تاریخ 12 تیرماه 1360 دستگیر و بدون ارایه دلیل بازداشت به مدت 5 سال راهی زندان کرد.ملکی پس از آزادی ممنوع الخروج شد.داشتن کرسی تدریس هرگز باعث نشد تا لحظه ای از وفاداری او نسبت به روشنگری در دانشگاه کم شود.او همیشه رویه مستقلی را پیشه  کرد و گرایشی به حزب خاصی نداشت.

 دکتر ملکی در 21 اسفند سال 1379 نیز در منزل زنده یاد بسته نگار،داماد آیت الله طالقانی به همراه عده ای از افراد نزدیک به گرایش ملی -مذهبی بدون ارایه مجوز دستگیر شد.

 نامه های دکتر ملکی

  زمانی که بسياري در برابر ظلم و بیداد در داخل کشور سکوت پیشه کرده بودند ،دکتر ملکی  طی  نامه ای  در اردیبهشت 85  از عملکرد احمدی نژاد انتقاد کرد و نوشت :"شما که ژست مردمی بودن و با مردم زیستن و از میان مردم برخاستن را می گیرید مگر کارگران و دانشجویان و روزنامه نگران منتقد شما مردم نیستند؟چرا با آنها چنین رفتاری می کنید؟مگر معترضین بیش از یک زندگی آرام و در آسایش می خواهند؟چرا پاسخ آنها را با باطوم و زندان و اخراج می دهید؟"

 او  پیشگام در دیکتاتور ستیزی و استبداد گریزی در تاریخ 21 اردیبهشت 87 طی نامه ای سرگشاده به آقای خامنه ای با عنوان"می نویسم هر چه باداباد" استبداد دینی را شرح داد.او در این نامه ذکر کرد که "چه شد آن آزادی و برابری و عزت و نیک فرجا می که قرار شده بود نظام اسلامی منادی آن باشد؟کجاست آن مملکت اسلامی که می خواست الگویی باشد برای ممالک دیگر ؟چگونه است که هنوز بسیاری از زندانیان را زندانیان سیاسی و عقیدتی تشکیل می دهند؟چرا زمانی که صحبت از یک رفراندوم می شود،ترش می کنید . این خواسته را به دشمنان مردم نسبت می دهید؟"

 ملکی در جریان حوادث پس از انتخابات نیز سکوت نکرد و به عنوان چشم بینای جامعه محمود احمدی نژاد را به عوام فریبی و لاف زنی محکوم کرد.

  استقامت با تنی رنجور

 او به دلیل همین مواضع منتقدانه نسبت به ولایت فقیه و به رسمیت نشناختن دولت دهم پس از انتخابات بازداشت شد تا صحنه آرایان استبداد دینی بتوانند از مخالفت او در در امان باشند.اما به دلیل سوابق بیماریش و سرطان پروستات زودهنگام  آزاد شد تا اینکه 5 مامور امنیتی  در تاریخ سی و یک مرداد ماه سال جاری  به منزل دکتر هجوم آوردند.این افراد  خانه اش را مورد تجسس قرار دادند و لوازم شخصی او را از جمله کامپیوتر،یک تلفن همراه،دفترهای یادداشت و حداقل 80 نسخه کتاب را ضبط کردند. این افراد پس از تجسس فیلمبرداریاز منزل، در پایان دکتر ملکی را بازداشت کردند.دکتر محمد ملکی در زمان بازداشت در سلامت به سر نمی برد و گویا در پی یک بیماری جدی رو به بهبود می رفت ولی در اثر درد شدید در پاهایش قادر نبود بدون کمک راه برود. در عین حال او از سرطان پروستات، ضربان نامنظم قلب و دیابت رنج می برد. در زمان دستگیری به او اجازه داده شد داروهایش را به همراه خود ببرد. اما متاسفانه در ایام زندان از ارائه مراقبت پزشکی، شامل دارو، یا تاخیر در ارائه آن به عنوان عامل فشاربرای این پیرمرد 76 ساله استفاده می شد

 . شیرینی آزادی در برابر حکمي تلخ

 این پیر عرصه سیاست ایران در تاریخ 21 آذر امسال در دادگاه حاضرشد و دادگاه نمایشی را به صحنه ای از اعتراض تبدیل کرد. او در این دادگاه نسبت به طولانی شدن روند بازداشت خود انتقاد کرد.اما پس از این دادگاه همچنان او با وجود بیماریش در زندان ماند.ملکی به دلیل بیماری حادش چندین بار در طول مدت حبس راهی بیمارستان شد تا جایی که در تاریخ اول اسفند  خانواده او از تمام نهادهای حقوق بشری برای تامین سلامت او طلب استمداد کردند. دکتر ملکی پس از تحمل بیش از 191 روز با قرار کفالت آزاد شد.هنوز شیرینی آزادیش به کام آزادیخواهان ننشسته بود که خبر صدور حکمش، تلخی خاصی بر همگان گذاشت.طبق کیفرخواست صادره دکتر ملکی به اتهام ارتباط با یکی از سازمان‌های غیرقانونی(مجاهدین) و به استناد ماده ۱۸۶ قانون مجازات اسلامی به محاربه متهم شد.این درحالیست که بارها او این اتهام را رد کرده است. البته اتهامات دیگری نیز بر شانه های او همچون  توهین به امام خمینی، آقاي خامنه ای و تبلیغ علیه نظام سنگینی می کند.

 مقامات قضایی می دانند که اگر برای مرد سالخورده ای چون دکتر ملکی اگر یک روز حبس هم در نظر گرفته شود ،شاید در حکم حبس ابد برای او باشد.به هر حال چه در مورد دکتر ملکی با سوت و کف عده ای حکم محاربه اجرا شود یا نشود،از اعتبار و آبروي  وی نه تنها در میان ایرانیان کم نمی شود بلکه هر ایرانی آزادیخواهی  از نام  او در جهان جیثیت  کسب می کند.

 ملکی آزادمرد تبار عیاران است هرچند که به دلیل انا الحق گفتن به اعدام محکوم شود.مگر نه آنکه آزادمرد و جوانمرد کسی است که در راه انسانیت مال و جان و قلم و زبان خود را بگذارد ...براستی به قول عین القضات همدانی جوانمرد نام دیگر اوست....