مطهری در گفتگو با نشریۀ «سالنامۀ همشهری»، با ذکر این نکته که "در دوره سازندگی (دولت هاشمی) آزادی بیان در حد مطلوب نبود و تحمل نظرات مخالف در حد پائینی قرار داشت"، خاطرنشان کرد "دردوره سازندگی مدیران در کج روی ها  نقش داشتند و وزارت اطلاعات را وارد کارهای اقتصادی کردند که همین امر موجب فساد شد."

 

وی دوره اصلاحات را دارای "وضعیتی بهتر" در زمینه آزادی بیان دانست و با بیان اینکه "اگر چه سوء استفاده ای هم شد"، "اما یکی از ویژگی های مثبت دوران اصلاحات مبارزه با کارهای خودسرانه مثل قتل های زنجیره ای بود که برخی افراد وزارت اطلاعات به خیال حفظ نظام، با تفکر بسیار غلطی دست به آن زدند."

 

نماینده اصولگرای مجلس شورای اسلامی همچنین خاطرنشان کرد "دردولت نهم هم آزادی بیان خوب بود و می توان به آن نمره قابل قبولی داد" و افزود "به نظر من تشکیل کمیته حقیقت یاب در حوادث پس از انتخابات می توانست موثرتر باشد. تشکیل کمیته حقیقت یاب کار خوبی بود، اما کافی نبود، در مورد حادثه کوی دانشگاه و مجتمع سبحان باید گزارش ها برسند و به اتهامات کسانی که باعث این حوادث شدند، رسیدگی شود."

 

علی مطهری در این مصاحبه مجددا بر نکته ای که طی چند ماه اخیر باعث خشم حامیان احمدی نژاد شده نیز پافشاری کرد و گفت "اگر می گوییم موسوی و کروبی در حوادث پس از انتخابات نقش داشتند، قطعا احمدی نژاد هم نقش داشته است، اگر چه کمتر."

 

وی در ادامه با صحّه نهادن بر وجود "بحران" در جامعه، زمینه تاکید کرد "در بحران موجود، وضعیت به گونه ای نیست که یک طرف حق مطلق باشد و طرف دیگر باطل مطلق."

 

نماینده اصولگرای مجلس هشتم پیرامون اعتراضات پس از انتخابات نیز خاطرنشان ساخت "به نظر من در ابتدای اعتراضاتِ پس از انتخابات،  راه حل، راهپیمایی یا تجمع آرام بود که طبق قانون نیازی به مجوز هم ندارد."

 

این نماینده منتقد دولت و فرزند شهید مرتضی مطهری، برخورد مقامات نظام با مرحوم آیت الله العظمی منتظری را مورد انتقاد قرار داده و گفت "از برخوردهای صورت گرفته با آیت الله منتظری بسیار ناراحتم و معتقدم در مورد ایشان خوب عمل نکردیم؛ من هیچ وقت درباره آیت الله منتظری سکوت نکرده بودم و حتی در مجالس سالگرد پدرم گاهی از ایشان یاد می کردم که معمولا این سخنان در جایی انعکاس نمی یافت.

 

علی مطهری اقدامات هتاکانه جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، مبنی بر "خلع مقام مرجعیت" از مرجع تقلید شیعیان، آیت الله العظمی صانعی را مورد اعتراض قرار داده و گفت "اقدامات جامعه مدرسین درباره آیت الله صانعی را قبول ندارم و معتقدم جامعه مدرسین فقط در حد مشاوره به افراد مکلف عمل نماید. "

 

مطهری ضمن بیان این مطلب که "انقلاب در برخی شاخص ها موفق بوده، در برخی متوسط و در بعضی نیز نمره منفی می گیرد"، خاطرنشان نمود "به نظر من در استقلال سیاسی نمره قبولی می گیرد، زیرا جمهوری اسلامی برای خودش تصمیمی می گیرد؛ در استقلال فرهنگی به طور نسبی موفق بوده ایم. اما امروز متاسفانه وضعیت به گونه ای است که برخی حاضرند فساد و فحشا باشد اما ازدواج موقت یا تعدد زوجات نباشد.اینها نتیجه نفوذ فرهنگی غرب است."