سعید مرتضوی  برای اولین بار در گفت و گویی با سایت تازه تاسیس پرچم تلاش کرد تا خود را از جنایات رخ داده در کهریزک بری جلوه دهد.  این سایت اصولگرا که گفته می شود به جریانات حامی احمدی نژاد نزدیک است، در روز یکشنبه ۱۲ مهرماه بخشی کوتاه از گفت و گو با مرتضوی را منتشر کرد.  قرار بود مشروح این گفت و گو به زودی منتشر شود، اما روز سه شنبه ۱۴ مهرماه سایت پرچم خبر داد که به دلیل فشارهای وارد شده از سوی سعید مرتضوی، از انتشار گفت و گو خودداری خواهد کرد. این سایت نوشت: "به دلیل برخی موارد پدید آمده از سوی دادستان سابق تهران و عمل وی، بر خلاف وعده داده شده مبنی بر انتشار متن کامل و بدون سانسور گفتگوی پرچم ، این سایت از انتشار متن گفتگو با سعید مرتضوی خودداری می کند. متن کامل صوتی توضیحات مرتضوی درباره کهریزک در اختیار پرچم است که به دلیل برخی فشار ها و ملاحظات از انتشار آن خودداری می کنیم."

در همین حال سعید مرتضوی روز دوشنبه ۱۳ مهرماه نیز با ارسال نامه ای به سایت خبری جهان نیوز، نقش خود را در پرونده جنایت کهریزک تکذیب کرد. سایت جهان نیوز که توسط علیرضا زاکانی نماینده اصولگرای مجلس و از حامیان محمود احمدی نژاد اداره می شود، پیش از این طی گزارشی کوتاه بدون ذکر نام سعید مرتضوی، از نقش یک مقام قضایی سابق در پرونده جنایت کهریزک خبر داده بود.  جهان نیوز برای اولین بار فاش کرد که علاوه بر سه زندانی شناخته شده کشته شده در کهریزک، یعنی امير جوادي فر، محمد كامراني و محسن روح الاميني، فرد چهارمی نیز یک هفته پس از آزادی فوت کرده است.  سعید مرتضوی بلافاصله به این گزارش واکنش نشان داد و با ارسال نامه ای، علیرضا زاکانی را به خصومت شخصی با خود متهم کرد.  زاکانی یک روز پس از انتشار نامه مرتضوی و این بار به صراحت تایید کرد که "اسناد و مدارک تخلفات مرتضوی بزودی ارایه می شود." اما نکته جالب اینجا است که زاکانی نه تنها نقش مرتضوی را محدود به وقایع کهریزک نکرد، بلکه وعده داد تخلفات سابق او نیز فاش شود . زاکانی گفت:"به درخواست اینجانب هیاتی از سوی آیت الله شاهرودی رئیس وقت قوه قضائیه با حضور آقایان رئیسی، خلفی،جمشیدی، نکونام و رحیمی که پنج نفر از قضات عالی کشور هستند، تشکیل شده و بنده منتظرم با ارایه اسناد و مدارکی که مدتهاست آماده شده و به خاطر شرایط کشور از انتشار آن خودداری کرده ام، پس از ۹ ماه سکوت در روزهای آینده این مستندات را به هیات مذکور تقدیم و نتایج آن را به سمع و نظر مسئولان کشور بویژه حضرت آیت الله آملی لاریجانی ریاست محترم قوه قضائیه برسانم."

ضربه آخر به مرتضوی، اما از سوی پرویز سروری، رییس هیات ویژه مجلس برای بررسی وضعیت بازداشت شدگان حوادث پس از انتخابات و سخنگوی هیات شورای عالی امنیت ملی در رسیدگی به موضوع کهریزک زده شد. سروری در واکنش به مطالب مطرح شده در نامه مرتضوی گفت: "ادعاهای مطرح شده آقای مرتضوی مخدوش و بی مورد است و نظام اسلامی با متخلف در هر لباسی و موقعیتی برخورد خواهد کرد."

گفتنی است یکی از اتهاماتی که تاکنون به مرتضوی وارد شده، تعلل در دستور رهبر جمهوری اسلامی ایران برای انتقال بازداشت شدگان کهریزک به مکانی دیگر بوده است.  در حالی که گفته می شود این دستور روز شنبه ۲۰ تیرماه و از سوی وحید جلیلی، نماینده رهبری و دبیر شورای عالی امنیت ملی به مرتضوی ابلاغ شده، او مدعی است که این اتفاق دو روز بعد، یعنی دوشنبه ۲۲ تیرماه افتاده است. مرتضوی برای اثبات ادعای خود از دو شاهد بهره می گیرد.  این دو شاهد حسن حداد، معاونت امنيت دادسراي عمومي و انقلاب تهران و علی اکبر حيدري فر، داديار شعبه اول دادسرای عمومي و انقلاب تهران هستند.  دو فردی که خود نیز از متهمان پرونده کهریزک به شمار می روند و گفته می شود که در چند روز گذشته مورد بازجویی و سوال و جواب کمیته‌ تحقیق قوه‌ قضاییه قرار گرفته‌اند.

برخی صاحبنظران پیش بینی می کنند که سعید مرتضوی قرار است به عنوان یکی از چهره های منفور، قربانی شود تا حکومت جمهوری اسلامی بخشی از نارضایتی های عمومی را بدین وسیله آرام کند . در عین حال برخی دیگر از تحلیلگران همچنان نسبت به مکافات سعید مرتضوی مشکوک هستند   به عقیده آنان در شرایط حاضر، به صلاح حکومت نیست که چهره های حرفه ای و وفادار خود را از دست بدهد. آنان به حکم انتصاب محمد رضا نقدی به فرماندهی نیروی بسیج توسط رهبر جهوری اسلامی اشاره می کنند.  نقدی که متهم اصلی پرونده شکنجه شهرداران مناطق تهران در سال ۱۳۷۶ به شمار می رفت، در دادگاه به ۸ ماه حبس قطعی محکوم شده بود، حکمی که هیچگاه اجرا نشد.

گفتنی است، سعید مرتضوی علاوه بر اتهامات اخیر مبنی بر نقش داشتن در جنایات کهریزک، با انبوهی از اتهامات نظیر شکنجه روزنامه نگاران و فعالان سیاسی اصلاح طلب روبروست. او همچنین در پرونده خود اتهام قتل زهرا کاظمی، خبرنگار تبعه کانادا را دارد. کمیسیون اصل ۹۰ مجلس ششم شورای اسلامی او را از مقصرین قتل این خبرنگار اعلام کرده است. همچنین گفته می شود که در آغاز دوران کاری مرتضوی به عنوان قاضی اجرای احکام در دادگستری یزد نیز پرونده ای اخلاقی علیه او باز شده است.