بلافاصله پس از انتشار این خبر، سید احمد خاتمی، ‌عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و خطیب جمعه تهران آن را تکذیب کرد و گفت: "تا جایی که بنده در جلسات جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بوده‏ام، جامعه مدرسین به چنین نتیجه‌ای نرسیده است." اما با وجود تکذیب احمد خاتمی همچنان احتمال آن که جامعه مدرسین لیست جدیدی از مراجع تقلید را اعلام کند وجود دارد. در آبان ماه سال ۱۳۸۶ و پس از آن که آیت الله فاضل لنکرانی و آيت الله ميرزا جواد آقا تبريزي، دو مرجع تقلید معرفی شده توسط جامعه مدرسین درگذشتند، محمد یزدی رییس  تازه انتخاب شده جامعه مدرسین اعلام کرد که "در شرايط فعلي ضرورتي براي معرفي مرجع جديد احساس نمي کند." اما مدتی کوتاه پس از آن جامعه مدرسین لیست مراجع تقلیدی را که مورد تاییدش بودند ارایه داد.

جامعهٔ مدرسین حوزهٔ علمیهٔ قم که در سال ۱۳۴۰ و همزمان با شکل گیری اعتراضات روحانیون علیه رژیم پهلوی تاسیس شد، پس از انقلاب اسلامی ایران به عنوان قوی ترین تشکل روحانیت در عمل کنترل حوزه علمیه قم را در دست گرفت. ادر سال ۱۳۶۱ بود که برای اولین بار اعضای این جامعه مستقیما در امر تعیین مرجعیت دخالت کردند. آنان با صدور بیانیه ای آیت الله شریعتمداری، مرجع مشهور و پرطرفدار وقت که متهم به مخالفت به نظام جمهوری اسلامی شده بود را "از شئون مرجعیت عزل" کردند. این اقدام جامعه مدرسین مورد اعتراض شدید برخی مراجع تقلید نظیر آیات عظام گلپایگانی، رضا صدر و مرتضی حائری قرار گرفت و آنان صراحتا اعلام نمودند که جامعه مدرسین در جایگاهی قرار ندارد که مسئولیت نصب و یا عزل مرجع تقلید را برعهده بگیرد. با این حال پس از درگذشت آیت الله خمینی و انتخاب حجه الاسلام خامنه ای به عنوان رهبر جدید جمهوری اسلامی، جامعه مدرسین اندک اندک تلاش کرد تا نقش خود را به عنوان یک نهاد تعیین کننده مرجع جای بیاندازد.

اولین بار بعد از درگذشت آیت الله خوئی بود که جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در تاریخ ۲۸ مرداد ۱۳۷۱ با صدور بیانیه ای به بهانه آن که مردم در مورد رجوع‌ به‌ مرجع‌ تقليد از اعضاء جامعة‌ مدرسين‌ كسب‌ تكليف‌ مي‌كردند اعلام نمود که "با وجود آيت‌ الله العظمي‌ گلپايگاني‌ و حضرت‌ آيت‌ الله العظمي‌ اراكي‌ مد ظلهما رجوع‌ به‌ يكي‌ از اين‌ دو بزرگوار تعين‌ دارد. البته‌ نظر اكثريت‌ جامعه‌ بر تعيين‌ حضرت‌ آيت‌ الله العظمي‌ گلپايگاني‌ مد ظله‌ است‌. در عين‌ حال‌ چند نفر هم‌ به‌ تخيير بين‌ اين‌ دو بزرگوار قائل‌ هستند." در ۱۹ آذرماه سال ۱۳۷۲ نیز پس از درگذشت آیت الله محمد رضا گلپايگانی، مجددا ابراهیم امینی، رییس وقت جامعه مدرسین با صدور بیانیه ای اعلام کرد که "مرجعيت‌ در حضرت‌ آية‌ الله‌ العظمي‌ آقاي‌ حاج‌ شيخ‌ محمدعلي‌ اراكي‌ ـ مدظله‌ العالي‌ ـ متعين‌ است‌." یکسال بعد آیت الله اراکی نیز درگذشت و پس از آن یعنی در تاریخ ۱۱ آذر ۱۳۷۳ بود که جنجالی ترین بیانیه جامعه مدرسین درباره تعیین مرجع جدید صادر شد. در این بیانیه نام آیت الله محمد فاضل‌ لنكراني‌، محمدتقی بهجت، سیدعلی خامنه ای، حسین وحید خراسانی، جواد تبریزی، سید موسی شبیری زنجانی و ناصر مکارم شیرازی به عنوان هفت نفر مراجع جدید تقلید اعلام شد. برای اولین بار نام رهبر جمهوری اسلامی به عنوان مرجع تقلید در این لیست به چشم خورد. گو این که نام آیت الله خامنه ای در رتبه سوم لیست قرار داشت. نکته جالب این بود که نام آیات عظام منتظری ، سیستانی، شیرازی، عزالدین زنجانی، صادق روحانی، صادقی تهرانی و قمی که حداقل ۲۰ سال از انتشار رساله های آنان می گذشت جایی در این لیست نداشت. در همان هنگام بسیاری چنین تحلیل کردند که مراجعی که به لحاظ فقهی با سیستم سیاست ورزی جمهوری اسلامی سازگاری نداشتند در این لیست جایی نداشته اند.

خاطرات آیت الله منتظری نکات جالبی را در پس تصمیم جامعه مدرسین برای اعلام هفت مرجع تقلید جدید و به خصوص آیت الله خامنه ای فاش می کند. به گفته او: "برخی از مسئولین از تهران به(قم) آمدند و اصرار داشتند كه جامعه مدرسین آقای خامنه ای را به عنوان مرجع تقلید معرفی كنند، و از طرف دیگر جمع زیادی از طلاب جوان و بچه ها و گروههای فشار را در خیابان بیمارستان در كنار دفتر جامعه مدرسین جمع كردند و آنان با شعار و فشار از جامعه مدرسین همین امر را می‎خواستند. چند نفر از جامعه مدرسین كه در تهران بودند به همین منظور فورا خودشان را به قم رساندند. با این همه مقدمات و برنامه ریزی ها هفت نفر از(اعضای) جامعه حاضر شدند ایشان را در عداد مراجع ذكر كنند و بر این اساس ایشان و شش نفر دیگر به عنوان مرجع معرفی و اعلام شد، در صورتی كه معمولا پس از رحلت هر مرجع از ناحیه علما و بزرگان یك نفر شاخص معرفی می‎شود تا مردم از تحیر خارج شوند. بعضی از افراد جامعه مدرسین نزد من آمدند و گفتند: "به جامعه گفته اند به هر قیمتی كه هست باید آقای خامنه ای را به عنوان مرجع معرفی كنید زیرا مصلحت نظام چنین اقتضا می‎كند."


آیت الله منتظری در خاطرات خود می افزاید:  "قانون جامعه مدرسین این بود كه هر طرحی باید در جلسه اقلا به امضای چهارده نفر برسد تا بتوان به نام جامعه اعلام نمود، آقایان گفتند: ما با تلفن از هفت نفر دیگر كه حضور نداشتند موافقت گرفته ایم در صورتی كه لازم بود همه در جلسه حاضر باشند، به علاوه برخی از آنان تكذیب كردند. و بالاخره با این وضع غیر عادی و با فشاری كه ما در قم ناظر بودیم مرجعیت شیعه را فدای اغراض سیاسی كردند و ملت را به اشتباه انداختند. و پس از این اعمال، برخی از افراد سپاه و اطلاعات در بلاد مختلف به اهل علم و مبلغین فشار می آوردند كه باید ایشان(آیت الله خامنه ای) را به عنوان مرجع معرفی كنید و از ایشان مساله بگویید و از بیان فتاوای جمعی از مراجع جلوگیری می‎كردند، و هر كس تخلف می‎كرد علیه او گزارش می‎دادند و او را گرفتار دادگاه ویژه می‎كردند. كسی مخالف نبود كه ایشان نیز مانند دیگران رساله و مقلدینی داشته باشد، ولی با این رفتار سپاه و اطلاعات و برخی نهادهای دیگر امر مرجعیت تحمیلی و مبتذل شد، و شاید برخی مسئولین بالا از این كارها خبر نداشتند ولی جریان چنین بود. وقتی آیت الله طاهری اصفهانی قضیه مرجعیت آقای خامنه ای را نوشت من به یك آقایی گفتم بعید به نظر می‎رسید كه آقای طاهری به این شكل مرجعیت آقای خامنه ای را بنویسد، او رفته بود به آقای طاهری گفته بود، ایشان گفته بود من چه كنم آقای رشیدی دادستان دادگاه ویژه در اصفهان چند مرتبه آمد اینجا و به من اصرار كرد كه شما باید این را بنویسید و من هم دیدم نمی شود ننویسم. یا اینكه آیت الله آذری قمی با اینكه خلاف عقیده اش بود با مقداری اگر و مگر یك چیزی نوشته بود. اینها با فشار بعضی علما را وادار كردندكه چیزهایی بنویسند، رادیو و تلویزیون هم كه در اختیار خودشان بود و مردم كه روزنامه را می‎خوانند یا به رادیو گوش می‎دهند چه می‎دانند كه چه خبر است و این امضاها به چه شكل گرفته شده است ؟ خوب وقتی مرجعیتی به این شكل بخواهد درست شود چه استقلالی برای حوزه ها و مرجعیت می‎ماند؟"

آیت الله آذری قمی نیز که در ابتدا یکی از کسانی بود که مرجعیت رهبر جمهوری اسلامی را تایید کرد در نامه مفصلی که در تاریح ۵ آبان ماه ۷۶ خطاب به سیدمحمد خاتمی رییس جمهور وقت منتشر نمود فاش کرد که:  "اما جامعه مدرسین كه معظم له(آقای خامنه ای) را به عنوان یكی از مراجع سبعه معرفی كردند نیز برخلاف ضوابط شرعی و قانونی خود عمل كردند، زیرا با رای تلفنی و در جوی ناسالم ایشان را معرفی كردند كه برخی از تلفن شونده ها بعدا آن را انكار كردند، چون شرط مرجعیت دو چیز است كه هیچیك برای معظم له(آقای خامنه ای)موجود نیست، […] جامعه مدرسین كه به جواز تقلید معظم له رای داده اند تنها به لحاظ مصلحت نظام بوده كه مصلحت اندیشی در این امر حیاتی صحیح نبوده و نیست، […] ولی اخیرا این شعار "هم مرجعی هم رهبری " توسط بچه های اطلاعاتی سر داده شد و روز رای گیری جامعه مدرسین عده ای از آنها به منظور فشار برجامعه كه متاسفانه با تبلیغات داخل جلسه آقای یزدی و آقای جنتی و یك نفر دیگر ضربه تلخ خود را به انقلاب مقدس اسلامی وارد كرد. در این میان بی توجهی حقیر هم دایر براینكه وجوه شرعیه باید به رهبر داده شود ضربه كاری خود را زد، كه باید استغفار كرده و این فتوای بی موقع را محو كرد."

در سال ۸۶ و پس از درگذشت آیت الله فاضل لنکرانی و آيت الله ميرزا جواد آقا تبريزي که دو تن از مراجع موجود در لیست قبلی جامعه مدرسین بودند، این نهاد لیست نام آیت الله صافی گلپایگانی و علی سیستانی را در ذیل لیست خود اضافه کرد. گفته می شود که جامعه مدرسین علاقه ای به افزودن نام آیت الله سیستانی نداشت اما حسن شهرت وسیع این مرجع تقلید شیعه به خصوص پس از اشغال عراق توسط آمریکا آنان را مجبور کرد که برای حفظ ظاهر نام او را به عنوان آخرین نفر لیست خود بیافزایند. در آخرین لیستی که جامعه مدرسین حوزه علمیه قم پس از درگذشت آیت الله بهجت در اردیبهشت ماه سال جاری ارایه داد، تنها به ذکر نام ۶ مرجع قبلی بسنده شده و نام مراجع تقلید جدیدی ارایه نشده است. در این لیست برای اولین بار نام رهبر جمهوری اسلامی پس از فوت آیت الله بهجت در صدر قرار گرفته و نام آیت الله سیستانی نیز همچنان در ذیل قرار دارد.